1930 yılında düzenlenen ilk İstanbul Şampiyonası’nda İstanbulspor’u yenerek şampiyon olan Fenerbahçe bu spordaki faaliyetlerini bugüne dek kesintisiz sürdürmüştür. Fenerbahçe, Türkiye Masatenisi Şampiyonası ile Türkiye Masatenisi Süper Ligi’nde erkeklerde ve kadınlarda elde ettiği başarılarla bu sporda en seçkin yeri tutmuştur. 2007-08 sezonunda erkek takımı Avrupa ETTU Kupası’nda final oynadı. Kadın takımı ise 2011-12 ve 2012-13 sezonlarında yine ETTU Kupası’nda şampiyonluğuna ulaştı. 2013-14 sezonunda ise Avrupa Şampiyonlar Ligi’nde final oynayıp, ertesi sezon kupayı kazanarak Avrupa şampiyonu oldu. Fenerbahçeli sporcu Gürhan Yaldız’ın 1982 yılında İzmir’de düzenlenen 19. Balkan Masatenisi Şampiyonası’nda aldığı gümüş madalya bu branşta bir Türk sporcunun uluslararası yarışmada aldığı ilk madalya olurken, Melek Hu’nun 2009 yılında Akdeniz Oyunları’ndan aldığı altın ve 2010 yılında Çek Cumhuriyeti’nde yapılan Avrupa Masatenisi Şampiyonası’nda aldığı bronz madalyalar da Türkiye masatenisi tarihinde birer ilki teşkil etmiştir.